Ekspedycja Atlantis w tajemniczy sposób odkrywa Dedala, porzuconego i dryfującego w przestrzeni. Kiedy zespół pułkownika Johna Shepparda przybywa, by zbadać sprawę, statek w tajemniczy sposób znika. Wkrótce odkrywają, że statek jest w rzeczywistości alternatywnym Dedalem z Alternatywnej rzeczywistości, a zespół musi znaleźć drogę powrotną do swojego Wszechświata lub ryzykować, że zostanie na zawsze pozostawiony w nieznajomej rzeczywistości.