Michael Kenmore zinfiltrował Atlantydę z armią swoich mieszańców, a także zamknął operacje Stargate i otoczone poziomy, aby nikt nie mógł go odzyskać. Jego plan; weź Teylę Emmagan i jej dziecko, aby doskonalić swoje hybrydy i zniszczyć bazę, kiedy skończysz. Tymczasem podpułkownik John Sheppard, dr Rodney McKay i zespół próbują odebrać miasto, zanim Michael odejdzie z tym, co chce.