Inizia il terzo anno: Elliot continua ad avere problemi di autostima e la vita in ospedale non l'aiuta a migliorare. J.D. deve curare una paziente, la signora Farr, e chiede aiuto a Turk e Carla, ignorando Elliot. La ragazza riesce finalmente a reagire: cambia look e modo di fare, arrivando a imporsi con il radiologo, il quale non voleva collaborare con J.D., Turk e Carla. Dopo il pugno in faccia ricevuto da Cox, Kelso sibila quando respira: questo suono "avverte" il personale dell'ospedale del suo arrivo, il che permette loro di fingere di lavorare. Per ripicca, Kelso manda Cox a fare la visita annuale al penitenziario. Alla fine, Cox riaggiusterà il naso di Kelso.