Синдзи начинает учиться в школе Токио-3 и начинает испытывать проблемы с тем, что он пилот. Тодзи злится на Синдзи из-за того, что в первом сражении Синдзи против Ангела Сакиила была сильно ранена его сестра. Появляется ещё один Ангел, Самусиил, и Синдзи обязан победить его с помощью Евы-01.