Z niewiadomych przyczyn Tokio-3 zostało całkowicie pozbawione zasilania elektrycznego, zmuszając większość personelu NERV-u do pozostania w kwaterze głównej głęboko pod powierzchnią miasta. Niestety w tym samym czasie atakuje nowy Anioł, Matariel, który używa silnie żrącego kwasu by przedostać się do GeoFrontu.