In een door een nucleaire oorlog vernietigde wereld leeft het veertienjarige meisje Amamiku (Fukiishi) op de bodem van de zee. Zij heeft magische zaadjes in haar bezit, waarmee ze de verwoeste wereld weer kan herstellen. In een poging om deze zaadjes te planten, ontwaakt ze per ongeluk een eeuwenoud wezen, dat de mensheid wil vernietigen.