Alors que les pouvoirs de Nya sont perturbés, les Ninjas décident de partir à la recherche de réponses et se retrouvent au fond de la Mer sans fin où ils y découvrent que ses pouvoirs sont en réalité liés à une ancienne créature mythique du nom de Wojira, le Serpent Apocalyptique qui a été vaincu il y a de cela bien longtemps par un Merlopian, habitant d'une ancienne race aquatique bien avant la création de Ninjago par le Premier Maître du Spinjitzu. Nya rencontre aussi le nouveau méchant de la saison : le Prince Kalmaar.