Nachdem er bei den Tanners immer wieder für weitreichende Aufmerksamkeit gesorgt hat, wurde Alf schliesslich von der Alien Task Force in Gewahrsam genommen, wo entschieden wird, was mit ihm passieren soll. Als die Lage plötzlich sehr ernst wird, beschliessen Maj. Hill (Jensen Daggett) und Capt. Mullican (Will O'Leary), die für die Freilassung des Ausserirdischen gestimmt haben, sich mit Alf aus dem Staub zu machen, um Hilfe von Ex-NASA-Mitglied Dr. Dexter Moyers (Miguel Ferrer) zu bekommen. Aber nicht nur das Militär, sondern vor allem Alf sorgen von Beginn an dafür, dass der Trip dorthin alles andere als einfach wird...